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Mercredi 11 novembre 2009
Gestion des références bibliographiques (IV): Mendeley Desktop

Mendeley Desktop. Retenez bien ce nom, il pourrait rapidement vous devenir familier.
Pour l’instant en version beta (la sortie de la première version est prévue pour fin 2009/début 2010), Mendeley se veut être l’équivalent de ce qu’est «Last.fm» à la musique. Mais ne connaissant pas Last.fm -j’ai l’air bien malin!-, je ne vous en dirai pas plus.

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L’équipe qui développe Mendeley Desktop a établi les correspondances suivantes:

artistes > chercheurs
chansons > publications
albums > collections de publications
genres musicaux > disciplines de recherche

Et en fonctions de ces correspondances, ils ont commencé à programmer. Après le téléchargement et l'installation du logiciel, le résultat visuel donne ceci:

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La première apparence est plutôt positive, l’interface est assez habituelle pour ce type de logiciels, avec, à gauche, la boîte de navigation, à droite, l’abstract, les tags et -nous en reparlerons- , la possibilité de prendre des notes.
C’est maintenant classique si vous m’avez lu précédemment, je prends quelques publications (format pdf) et les importe dans Mendeley Desktop.
Puisque j’ai fait la remarque pour ses concurrents, je ne me prive pas ici non plus: le pdf ne peut être importé par un glissé déposé sur l’icône du logiciel. Il n’y a vraiment que les concepteurs de Papers pour avoir pensé à cette fonctionnalité pourtant si courante sur la plateforme Apple. Serait-ce si difficile à programmer?...
Aucun problème pour l’importation (File > Add Files) et la reconnaissance automatique, ce logiciel remplit sa tâche en une fraction de seconde. Dans une expérience ultérieure, j'ai même pu importer 175 pdfs, qui ont été reconnus en 3 minutes seulement. Chapeau!

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Un bémol, l’abstract, qui pourrait apparaître sur la fenêtre de droite, n’a pas été importé.
Mais c’est ici que Mendeley me plaît beaucoup: un rapide coup d’oeil sur leur page de support nous indique clairement que si la fonctionnalité n’est pas présente, elle a déjà été demandée par 133 personnes, et en tant qu’utilisateur enregistré, j’ai la possibilité de voter pour incrémenter d’une, deux ou trois unités en fonction de l’importance que j’accorde à la fonctionnalité en question. Vraiment chic!

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Mes données utilisateur à entrer (il faut créer un compte «UserVoice», indépendant de Mendeley), et le vote est incrémenté. La preuve:

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Tiens, je ne me prive pas, je mets également trois votes pour la fonction «glisser-déposer» dont j’ai parlé plus tôt. Et là, je passe de 2 à 5 voix. Comme quoi, il ne faut pas oublier la part de subjectivité dans ce genre d’analyse: en fonction de l’utilisation du logiciel, on peut apprécier ou non telle ou telle fonctionnalité!

Voyons maintenant les diverses fonctionnalités de Mendeley Desktop: sur le coin supérieur gauche, on peut créer facilement des collections, l’intuitivité est à nouveau au rendez-vous:

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En se déplaçant un peu à droite, on visualise les pdfs. A gauche, une étoile pour mettre en évidence les «favoris», le bouton vert signifie que le pdf n’a pas (encore) été ouvert.

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Passons maintenant du côté droit: au-dessus, vous avez le choix entre 3 menus
«Tags and notes» qui contient respectivement l’espace pour écrire ou coller l’abstract et dont je vous ai déjà parlé et les balises («tags») pour attribuer à chaque élément des mots-clés qui permettent de les trier aisément. Le petit éditeur de texte est non seulement un peu primitif, mais ne paut être non plus redimensionné.

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«Document Details» que je n’ai pas besoin de présenter davantage.

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«References», qui ne semble pas réellement fonctionnelle pour l’instant. Je passe.

Venons-en maintenant à la fonction de copie formatée. Je rappelle que celle-ci permet de copier les données bibliographiques dans un ordre et dans un format établis par la revue dans laquelle vous avez choisi de publier.

Voici, à titre d'exemple, une même référence formatée de deux manières différentes:

Molander, G. A., & Oliveira, R. A. (2008). Wittig reaction of formyl-substituted organotrifluoroborates and stabilized phosphonium ylides in an aqueous medium. Tetrahedron Letters, 49(7), 1266-1268.

Molander, G. A.; Oliveira, R. A. Tetrahedron Letters 2008, 49, 1266-1268.

On peut installer un plug-in pour une communication directe avec Open Office, mais rien d’autre, ni pour Pages, Nisus ou Word. En soi, ce n’est pas très grave, ça montre simplement que Mendeley doit encore mûrir!
Pour la copie formatée, il suffit en effet avec le clic droit de choisir le menu «Copy Citation», le format voulu est sélectionné. Là non plus, le formatage n’est pas encore parfait...

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Mais un des atouts importants de Mendeley Desktop est sans aucun doute sa capacité à stocker les informations en ligne.
Une petite digression pour vous parler du concept de «Cloud Computing». En anglais, «cloud» signifie «nuage» et vous aurez peut-être remarqué ce symbole sur le logo d’un produit Apple, Mobile Me.

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Vous avez déjà remarqué, le nuage? On fait certaines choses localement (en fait, de moins en moins) et on stocke de plus en plus en ligne. Si vous utilisez Pages 09 par exemple, vous pouvez stocker votre travail sur «iWork.com». Sans parler entre autres de "Google Documents" qui vous permet d'éditer en ligne un document, une feuille de calcul ou autre présentation.
En fait, c’est exactement ce que je fais avec Mendeley Desktop: tout peut être mis en ligne, à la seule condition de m’inscrire et d’insérer mes données utilisateur dans les préférences:

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Une fois revenu dans le menu, je crée par exemple une collection partagée («Shared Collection») dans laquelle je glisse une ou plusieurs publications. Le bouton «Sync» me permet d’effectuer la synchronisation en ligne:

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Pour vérifier que la synchronisation s’est bien déroulée, il me suffit de me connecter sur le site «mendeley.com» et je peux constater que mes collections sont maintenant visibles en ligne:

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Retournons maintenant au logiciel lui-même: en fait, deux solutions sont proposées par «Mendeley Desktop»:
1) Les collections «ordinaires» (par opposition aux collections «partagées»): si elles sont synchronisées en ligne, je peux les laisser visibles soit pour moi uniquement, soit pour toute la communauté des affiliés «Mendeley».
Il suffit pour cela d’activer «Edit Settings» pour la collection considérée:

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Ensuite, je sélectionne les options souhaitées:

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La cerise sur le gâteau, c’est que ce je rends public peut même suivi par fil rss!

2) Les collections «partagées»: dans ce cas, je peux soit ne partager qu’avec moi-même (c’est dommage, hein, pour un partage!), soit partager avec des personnes définies par moi et inscrites la communauté «Mendeley». Ca pourrait être le cas de quelques collègues qui partagent des publications sur un projet.

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Personnellement, je trouve cette distinction entre collections «normales» et «partagées» un peu artificielle: il suffirait de n’en avoir qu'une sorte, mais de proposer 4 options:

  • Synchroniser ou non
  • Visible pour moi uniquement
  • Visible pour un groupe de personnes sélectionnées
  • Visible pour tous

Espérons que Mendeley simplifie cet aspect dans une prochaine version.
Enfin, pour le prix, j’aime la transparence de Mendeley: le tout est pour l’instant gratuit, ne vous privez donc pas de le tester. Dans un avenir plus ou moins proche, il devrait devenir payant, le temps d’en peaufiner toutes les fonctionnalités. L’attrait de ce produit très prometteur pourrait donc être fonction de ce facteur prix également.
En résumé, on peut dire que ce nouveau logiciel remplit -parfois encore imparfaitement- les fonctions de base d’un logiciel bibliographique.
Son point fort, outre la compatibilité Mac et PC, c’est son aspect collaboratif qui pourrait lui permettre de se hisser rapidement dans la cour des grands. Espérons pour ses développeurs que la communauté des utilisateurs atteindra rapidement une masse critique qui lui permette de continuer sa progression.
Fidèle à mon habitude, je vous présente une vue d’ensemble des logiciels déjà passés en revue, et ceci, en fonction des mises à jours proposées récemment par leurs développeurs.

 

Les points forts Les points faibles
  • Mendeley Desktop (gratuit pour l'instant, payant dans le futur) v0.9.2.1 (beta)

  • Logiciel prometteur qui a bien intégré la notion de collaboration ("cloud computing")
  • La partie en ligne complète avantageusement le logiciel installé localement sur votre machine.
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • PC et Mac
  •  

  • Le logiciel doit encore mûrir pour un certain nombre de fonctionnalités
  • Sente (130 $) v6.0.x

  • Logiciel très complet avec une bonne intuitivité
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • L'annotation des références est très bien conçue
  • Les vidéos de démonstration sont complètes et agréables à suivre
  •  

  • Prix élevé
  • Uniquement Mac
  • Situation confuse concernant la prise de références «à la volée»
  • Papers (29 €) v1.9.x

  • Logiciel vraiment convivial et intelligent
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • Disponible en français
  • Prix très raisonnable
  •  

  • Uniquement Mac
  • La partie «Copie formatée» n’est pas encore disponible
  • Zotero (gratuit) v1.0.x

  • Gratuit
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • Disponible en français
  • PC et Mac (plugin Firefox)
  •  

  • Interface un peu simpliste, mais le logiciel est prometteur et les mises à jour se succèdent à intervalles réguliers
  • La partie «Copie formatée» doit encore être améliorée
  • Bookends (99 $) v10.6.x

  • Logiciel très complet bien qu'un peu «usine à gaz»
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • La fonction «Copie formatée» va coller la référence directement dans l'éditeur de texte défini par défaut dans les préférences Bookends.
  •  

  • Manque d'intuitivité en général
  • Uniquement Mac
  • La vidéo de démonstration est vraiment trop sommaire
  • EndNote (300€) vX3

  • Logiciel utilisé par un grand nombre de chercheurs du monde entier
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point et les formats de pratiquement toutes les revues scientifiques internationales sont disponibles
  • PC et Mac
  •  

  • Incapable d’effectuer une recherche au sein des pdfs
  • Incapable de reconnaître un pdf
  • Ne connaît pas les balises ("tags")
  • L’interface aurait besoin d’un bon lifting
  • Prix élevé pouvant aller jusqu’à 300 €
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