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Gestion des références bibliographiques (IV): Mendeley Desktop

Mendeley Desktop. Retenez bien ce nom, il pourrait rapidement vous devenir familier.
Pour l’instant en version beta (la sortie de la première version est prévue pour fin 2009/début 2010), Mendeley se veut être l’équivalent de ce qu’est «Last.fm» à la musique. Mais ne connaissant pas Last.fm -j’ai l’air bien malin!-, je ne vous en dirai pas plus.

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L’équipe qui développe Mendeley Desktop a établi les correspondances suivantes:

artistes > chercheurs
chansons > publications
albums > collections de publications
genres musicaux > disciplines de recherche

Et en fonctions de ces correspondances, ils ont commencé à programmer. Après le téléchargement et l'installation du logiciel, le résultat visuel donne ceci:

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La première apparence est plutôt positive, l’interface est assez habituelle pour ce type de logiciels, avec, à gauche, la boîte de navigation, à droite, l’abstract, les tags et -nous en reparlerons- , la possibilité de prendre des notes.
C’est maintenant classique si vous m’avez lu précédemment, je prends quelques publications (format pdf) et les importe dans Mendeley Desktop.
Puisque j’ai fait la remarque pour ses concurrents, je ne me prive pas ici non plus: le pdf ne peut être importé par un glissé déposé sur l’icône du logiciel. Il n’y a vraiment que les concepteurs de Papers pour avoir pensé à cette fonctionnalité pourtant si courante sur la plateforme Apple. Serait-ce si difficile à programmer?...
Aucun problème pour l’importation (File > Add Files) et la reconnaissance automatique, ce logiciel remplit sa tâche en une fraction de seconde. Dans une expérience ultérieure, j'ai même pu importer 175 pdfs, qui ont été reconnus en 3 minutes seulement. Chapeau!

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Un bémol, l’abstract, qui pourrait apparaître sur la fenêtre de droite, n’a pas été importé.
Mais c’est ici que Mendeley me plaît beaucoup: un rapide coup d’oeil sur leur page de support nous indique clairement que si la fonctionnalité n’est pas présente, elle a déjà été demandée par 133 personnes, et en tant qu’utilisateur enregistré, j’ai la possibilité de voter pour incrémenter d’une, deux ou trois unités en fonction de l’importance que j’accorde à la fonctionnalité en question. Vraiment chic!

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Mes données utilisateur à entrer (il faut créer un compte «UserVoice», indépendant de Mendeley), et le vote est incrémenté. La preuve:

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Tiens, je ne me prive pas, je mets également trois votes pour la fonction «glisser-déposer» dont j’ai parlé plus tôt. Et là, je passe de 2 à 5 voix. Comme quoi, il ne faut pas oublier la part de subjectivité dans ce genre d’analyse: en fonction de l’utilisation du logiciel, on peut apprécier ou non telle ou telle fonctionnalité!

Voyons maintenant les diverses fonctionnalités de Mendeley Desktop: sur le coin supérieur gauche, on peut créer facilement des collections, l’intuitivité est à nouveau au rendez-vous:

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En se déplaçant un peu à droite, on visualise les pdfs. A gauche, une étoile pour mettre en évidence les «favoris», le bouton vert signifie que le pdf n’a pas (encore) été ouvert.

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Passons maintenant du côté droit: au-dessus, vous avez le choix entre 3 menus
«Tags and notes» qui contient respectivement l’espace pour écrire ou coller l’abstract et dont je vous ai déjà parlé et les balises («tags») pour attribuer à chaque élément des mots-clés qui permettent de les trier aisément. Le petit éditeur de texte est non seulement un peu primitif, mais ne paut être non plus redimensionné.

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«Document Details» que je n’ai pas besoin de présenter davantage.

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«References», qui ne semble pas réellement fonctionnelle pour l’instant. Je passe.

Venons-en maintenant à la fonction de copie formatée. Je rappelle que celle-ci permet de copier les données bibliographiques dans un ordre et dans un format établis par la revue dans laquelle vous avez choisi de publier.

Voici, à titre d'exemple, une même référence formatée de deux manières différentes:

Molander, G. A., & Oliveira, R. A. (2008). Wittig reaction of formyl-substituted organotrifluoroborates and stabilized phosphonium ylides in an aqueous medium. Tetrahedron Letters, 49(7), 1266-1268.

Molander, G. A.; Oliveira, R. A. Tetrahedron Letters 2008, 49, 1266-1268.

On peut installer un plug-in pour une communication directe avec Open Office, mais rien d’autre, ni pour Pages, Nisus ou Word. En soi, ce n’est pas très grave, ça montre simplement que Mendeley doit encore mûrir!
Pour la copie formatée, il suffit en effet avec le clic droit de choisir le menu «Copy Citation», le format voulu est sélectionné. Là non plus, le formatage n’est pas encore parfait...

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Mais un des atouts importants de Mendeley Desktop est sans aucun doute sa capacité à stocker les informations en ligne.
Une petite digression pour vous parler du concept de «Cloud Computing». En anglais, «cloud» signifie «nuage» et vous aurez peut-être remarqué ce symbole sur le logo d’un produit Apple, Mobile Me.

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Vous avez déjà remarqué, le nuage? On fait certaines choses localement (en fait, de moins en moins) et on stocke de plus en plus en ligne. Si vous utilisez Pages 09 par exemple, vous pouvez stocker votre travail sur «iWork.com». Sans parler entre autres de "Google Documents" qui vous permet d'éditer en ligne un document, une feuille de calcul ou autre présentation.
En fait, c’est exactement ce que je fais avec Mendeley Desktop: tout peut être mis en ligne, à la seule condition de m’inscrire et d’insérer mes données utilisateur dans les préférences:

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Une fois revenu dans le menu, je crée par exemple une collection partagée («Shared Collection») dans laquelle je glisse une ou plusieurs publications. Le bouton «Sync» me permet d’effectuer la synchronisation en ligne:

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Pour vérifier que la synchronisation s’est bien déroulée, il me suffit de me connecter sur le site «mendeley.com» et je peux constater que mes collections sont maintenant visibles en ligne:

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Retournons maintenant au logiciel lui-même: en fait, deux solutions sont proposées par «Mendeley Desktop»:
1) Les collections «ordinaires» (par opposition aux collections «partagées»): si elles sont synchronisées en ligne, je peux les laisser visibles soit pour moi uniquement, soit pour toute la communauté des affiliés «Mendeley».
Il suffit pour cela d’activer «Edit Settings» pour la collection considérée:

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Ensuite, je sélectionne les options souhaitées:

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La cerise sur le gâteau, c’est que ce je rends public peut même suivi par fil rss!

2) Les collections «partagées»: dans ce cas, je peux soit ne partager qu’avec moi-même (c’est dommage, hein, pour un partage!), soit partager avec des personnes définies par moi et inscrites la communauté «Mendeley». Ca pourrait être le cas de quelques collègues qui partagent des publications sur un projet.

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Personnellement, je trouve cette distinction entre collections «normales» et «partagées» un peu artificielle: il suffirait de n’en avoir qu'une sorte, mais de proposer 4 options:

  • Synchroniser ou non
  • Visible pour moi uniquement
  • Visible pour un groupe de personnes sélectionnées
  • Visible pour tous

Espérons que Mendeley simplifie cet aspect dans une prochaine version.
Enfin, pour le prix, j’aime la transparence de Mendeley: le tout est pour l’instant gratuit, ne vous privez donc pas de le tester. Dans un avenir plus ou moins proche, il devrait devenir payant, le temps d’en peaufiner toutes les fonctionnalités. L’attrait de ce produit très prometteur pourrait donc être fonction de ce facteur prix également.
En résumé, on peut dire que ce nouveau logiciel remplit -parfois encore imparfaitement- les fonctions de base d’un logiciel bibliographique.
Son point fort, outre la compatibilité Mac et PC, c’est son aspect collaboratif qui pourrait lui permettre de se hisser rapidement dans la cour des grands. Espérons pour ses développeurs que la communauté des utilisateurs atteindra rapidement une masse critique qui lui permette de continuer sa progression.
Fidèle à mon habitude, je vous présente une vue d’ensemble des logiciels déjà passés en revue, et ceci, en fonction des mises à jours proposées récemment par leurs développeurs.

 

Les points forts Les points faibles
  • Mendeley Desktop (gratuit pour l'instant, payant dans le futur) v0.9.2.1 (beta)

  • Logiciel prometteur qui a bien intégré la notion de collaboration ("cloud computing")
  • La partie en ligne complète avantageusement le logiciel installé localement sur votre machine.
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • PC et Mac
  •  

  • Le logiciel doit encore mûrir pour un certain nombre de fonctionnalités
  • Sente (130 $) v6.0.x

  • Logiciel très complet avec une bonne intuitivité
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • L'annotation des références est très bien conçue
  • Les vidéos de démonstration sont complètes et agréables à suivre
  •  

  • Prix élevé
  • Uniquement Mac
  • Situation confuse concernant la prise de références «à la volée»
  • Papers (29 €) v1.9.x

  • Logiciel vraiment convivial et intelligent
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • Disponible en français
  • Prix très raisonnable
  •  

  • Uniquement Mac
  • La partie «Copie formatée» n’est pas encore disponible
  • Zotero (gratuit) v1.0.x

  • Gratuit
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • Disponible en français
  • PC et Mac (plugin Firefox)
  •  

  • Interface un peu simpliste, mais le logiciel est prometteur et les mises à jour se succèdent à intervalles réguliers
  • La partie «Copie formatée» doit encore être améliorée
  • Bookends (99 $) v10.6.x

  • Logiciel très complet bien qu'un peu «usine à gaz»
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point
  • Bonne gestion des balises ("tags")
  • La fonction «Copie formatée» va coller la référence directement dans l'éditeur de texte défini par défaut dans les préférences Bookends.
  •  

  • Manque d'intuitivité en général
  • Uniquement Mac
  • La vidéo de démonstration est vraiment trop sommaire
  • EndNote (300€) vX3

  • Logiciel utilisé par un grand nombre de chercheurs du monde entier
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point et les formats de pratiquement toutes les revues scientifiques internationales sont disponibles
  • PC et Mac
  •  

  • Incapable d’effectuer une recherche au sein des pdfs
  • Incapable de reconnaître un pdf
  • Ne connaît pas les balises ("tags")
  • L’interface aurait besoin d’un bon lifting
  • Prix élevé pouvant aller jusqu’à 300 €
13 commentaires
1)
pter
, le 11.11.2009 à 10:50
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Merci pour cette étude! MSurtout les +- de chaque produits a la fin du billet. Sinon a première vue…Zotero encore et toujours.

2)
Cesium133x
, le 11.11.2009 à 11:09
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Il manque un point (fort) important dans la table des +/-  de Mendeley : La fonction BibTeX syncing qui crée un fichier BibTeX à l’endroit de votre choix (pour tout la bibliothèque ou un par collection ou par document) et le garde constamment synchronisé avec la bibliothèque.

Cela évite de devoir exporter manuellement à chaque modification comme dans Endnote, Sente et Papers, ce qui est ridicule. Si je me souviens bien, Bookends ne supporte pas l’exportation BibTeX du tout !

3)
normafnor
, le 11.11.2009 à 13:52
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pour ma part , je l’avais découvert dans un commentaire d’un des premiers logiciels biblio. effectivement la compatibilité Mac/PC est très agréable (situation fréquente Mac à la maison et PC au bureau) par contre l’export se fait sur word windows et n’a jamais pu être obtenue sous word 2008.La création de dossiers est assez intuitive et je suis assez satisfait de ce produit mais mon activité consiste avant tout à enacdrer des mémoires de fin d’études ou à actualiser des protocoles de services ou de réseau je ne sais pas jusqu’à combien je veux bien mettre pour continuer à utiliser le service tel quel (Papers est très bien pour pas cher même s’il est uniquement Mac)

4)
Migui
, le 11.11.2009 à 20:47
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par contre l’export se fait sur word windows et n’a jamais pu être obtenue sous word 2008

C’est vrai que certains logiciels bibliographiques peuvent avoir une interaction “directe” avec le traitement de texte. Mais comme je l’indique dans le texte, je trouve qu’il est presqu’aussi facile d’effectuer la copie formatée dans Mendeley, puis de coller dans le traitement de texte.

Mais j’espère que ta remarque incitera les programmeurs (pas seulement de Mendeley d’ailleurs) à “huiler” cette mécanique.

Pour le prix, je suis entièrement de ton avis, il sera peut-être déterminant pour l’avenir de ce logiciel que j’ai bien aimé!

5)
Yulaan
, le 11.11.2009 à 23:30
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C’est quand même drôlement pratique l’interaction directe entre le logiciel de bibliographie et le traitement de texte, surtout que ça permet de gérer automatiquement les op. cit. et les ibid.

Il faudrait également mettre à jour les points forts de Sente en ce qui concerne la collaboration. Depuis la version 6 (qui vient de sortir), le logiciel est capable de créer une copie synchronisée du fichier bibliothèque original. Chaque modification dans l’un se répercute dans l’autre. Cela fonctionne sur le principe du nuage également semble-t-il. Et l’on peut spécifier différents niveaux de permissions (lecture ou lecture/écriture des références, lecture ou téléchargement des documents attachés entre autres). Je ne saurais que trop vous recommander ce logiciel.

Avec le duo Mellel/Sente, où un simple Commande-Y vous amène dans Sente — ou Bookend si vous l’avez choisi, ça fonctionne de la même façon — pour sélectionner la référence à introduire, et un second Commande-Y cous ramène dans Mellel avec la référence automatiquement introduite. Il n’y a plus qu’à demander à Mellel de scanner le document une fois terminé pour qu’il génère, à l’aide de Sente, la bibliographie finale et les citations telles qu’elles doivent apparaître (avec gestion automatique des ibid. et des op. cit. si on les a spécifiés).

Par ailleurs, une petite question : peut-on créer ses propres styles de bibliographie dans Mendeley ? Car il me semble qu’aucun format anglophone ne respecte réellement les conventions françaises, surtout en ce qui concerne les s.d., s.n., s.l. et s.l.n.d. Et le logiciel gère-t-il les ibid. ?

Yulaan

PS : Á quand un nouveau test de Mellel ?

6)
brab
, le 12.11.2009 à 12:44
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Merci Cesium133x pour la remarque sur bibtex. Comme c’est mon mode de travail de prédilection, c’est agréable de voir que c’est supporté.

Est-ce qu’un test de bibdesk est prévu ?

7)
Nihao
, le 12.11.2009 à 17:15
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Je suis aussi un utilisateur de Mendeley (sur Windows XP) depuis quelques mois, je gere avec une petite bibliotheque d’articles (environ 10 000 articles) au boulot. Ca marche pas trop mal. quelques plantages, quelques actions ont besoin d’eclaircissement. Parfois ca rame un peu ou les sunchros sont un peu longues.

8)
Migui
, le 12.11.2009 à 20:30
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Il faudrait également mettre à jour les points forts de Sente en ce qui concerne la collaboration. Depuis la version 6 (qui vient de sortir), le logiciel est capable de créer une copie synchronisée du fichier bibliothèque original. Chaque modification dans l’un se répercute dans l’autre. Cela fonctionne sur le principe du nuage également semble-t-il. Et l’on peut spécifier différents niveaux de permissions (lecture ou lecture/écriture des références, lecture ou téléchargement des documents attachés entre autres). Je ne saurais que trop vous recommander ce logiciel.

Après vérification, je constate que Sente a introduit la notion de bibliothèque synchronisée, mais si j’ai bien compris la vidéo, ils n’ont pas de serveurs propres, les synchronisations se font via les serveurs au sein d’une université, par exemple. On ne peut pas vraiment parler de “nuage” dans ce cas.

N’oublions pas que pour Mendeley, toute synchronisation se fait via un compte ouvert sur leurs serveurs, ce qui facilite grandement la tâche de l’utilisateur! C’est d’ailleurs principalement sur cet aspect qu’ils distancient selon moi les autres concurrents pour l’instant.

Je précise pour le reste que j’avais néanmoins apprécié Sente (voir ici ).

Par ailleurs, une petite question : peut-on créer ses propres styles de bibliographie dans Mendeley ? Car il me semble qu’aucun format anglophone ne respecte réellement les conventions françaises, surtout en ce qui concerne les s.d., s.n., s.l. et s.l.n.d. Et le logiciel gère-t-il les ibid. ?

Non, ce n’est pas encore possible, de même que l’édition des styles. J’ai lu récemment que l’équipe de développeurs est occupée sur un éditeur de styles et leur site recense en ce moment 284 votes en faveur de cette fonctionnalité!

Tout ceci confirme mes dires: l’application est prometteuse, mais elle doit encore être améliorée sur certains points.

9)
normafnor
, le 15.11.2009 à 12:12
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en relisant le test , je m’aperçois d’un petit détail manquant qui m’est très utile… il s’agit d’un plug in Safari “add to Mendeley” qui s’installe dans la barre des signets et qui permet d’alimenter en direct sa base de références (insertion de références; auteurs ;abstract le cas échéant)ça marche très bien sur Pubmed

10)
valesco
, le 16.11.2009 à 17:39
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Je suis très heureux de tous ces tests, qui me simplifient grandement la recherche d’un logiciel de biblio. Mais je ne peux toujours pas faire un vrai choix, car il y a un critère qui n’est pas mentionné dans les tests et qui pour moi est important : la gestion automatique des ibid et des op. cit. Tout ce dont j’ai besoin, c’est un soft qui me permette d’insérer automatiquement une citation formatée selon les normes françaises, de créer automatiquement une bibliographie, et aussi de gérer les op cit et ibidem de façon à ce que je puisse déplacer des phrases ou des paragraphes sans devoir tout recaculer moi-même.

Je vois dans le post de Yulaan que Sente le gère avec Mellel, ce qui est très bien. Qu’en est-il pour les autres softs, voilà une autre histoire, assez difficile à démêler sur le site des différents logiciels…

11)
Yulaan
, le 18.11.2009 à 01:02
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Je sais que Bookends gère également les ibid. et les op. cit. Dans Sente, il suffit simplement de jouer avec les occurrences de citations (first et subsequent) pour op. cit. (avec ces mêmes occurrences, on peut gérer les s.n., s.d., s.l. et s.l.n.d.). Mais ni Bookends ni Sente ne gère les op. cit. avec le numéro de page et/ou le numéro de note. Il faut utiliser les références croisées de Mellel (ou d’un autre s’il les gère). Quoi qu’il en soit, si tu veux que tes citations et ta bibliographie soient parfaitement conformes aux normes françaises, tu devras en passer par la création de ton propre format de bibliographie.

Je crois savoir aussi que Bookends et Sente sont équivalents en ce qui concerne les fonctions, et sont aussi bien intégrés à Mellel l’un que l’autre (Mellel les reconnait tout seul pour peu qu’on lui ait spécifié dans les préférences prévues à cet effet. Il n’est pas besoin d’installer un plugin ou autre). Il semblerait également que les deux sont en compétition dans l’ajout de nouvelles fonctions. Quand l’un implante une chose, l’autre l’imite.

Pour Bookends (et Endnote), je te conseille ces articles : ici et

Il y a également un article sur la comparaison des différents traitements de textes qui est fort intéressant (dont Pages et Word 2004 mais surtout Nisus Writer Pro et Mellel, sauf que Mellel sait gérer — de façon magistrale — les références croisées, et les images flottantes depuis l’écriture de l’article)

Mais au fait, quel traitement de texte utilises-tu ?

12)
Yulaan
, le 18.11.2009 à 01:18
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Après vérification, je constate que Sente a introduit la notion de bibliothèque synchronisée, mais si j’ai bien compris la vidéo, ils n’ont pas de serveurs propres, les synchronisations se font via les serveurs au sein d’une université, par exemple. On ne peut pas vraiment parler de “nuage” dans ce cas.

Dropbox (présenté ici ) peut régler le problème, même dans sa version gratuite.

13)
valesco
, le 20.11.2009 à 21:46
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@ Yulaan :

Un grand merci pour tes éclaircissements ! Les articles sont de plus très intéressants. J’utilise actuellement NeoOffice, dont je souhaite me débarasser tellement il est lourd, pataud.

A vue de nez, pour mon usage qui sera l’écriture de textes < 50 pages, je pense opter pour Nisus Writer Pro, du fait du format RTF (prévoir la mort prématurée de mon Mac + utilisation avec Scrivener), de sa compatibilité avec Antidote et de son agrément à l’utilisation. Le tout avec Bookends, qui m’a l’air de convenir au juriste que je suis.

Enfin, donc, j’ai testé Scrivener et je suis ébahi. Il semble en plus que Bookends s’intègre à Scriveners, ce qui est vraiment parfait — même si ça chamboule un peu le workflow que je prévoyais d’adopter.

Merci donc pour les liens !