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Gestion des références bibliographiques (III): Bookends et Sente

Vos commentaires -pour la plupart positifs- à mes deux premiers articles au sujet de la gestion bibliographique (EndNote, Papers et Zotero) m’ont incités à me pencher sur des logiciels que je ne connaissais pas jusqu’à présent. Pour récapituler ce qui a été dit jusqu’ici, on peut dresser un portrait du logiciel bibliographique idéal:

  1. Les références sont stockées de façon claire, basé sur le même principe qu’iTunes, avec des collections simples et des collections intelligentes.
  2. Le pdf peut être visualisé dans l’application elle-même.
  3. Le logiciel est capable de retrouver les métadonnées par simple reconnaissance automatique du document pdf correspondant.
  4. Chaque citation peut être copiée de façon formatée, ce qui permet de la coller dans un traitement de texte en vue d’une publication.
  5. L’application est compatible Mac et PC.
  6. Le prix est raisonnable.

En résumé de mes deux articles précédents, on peut dire qu’EndNote fait figure d'onéreux dinosaure archaïque concernant la programmation, incapable qu'il est d'intégrer les pdfs, alors qu'il s’en tire plutôt bien pour l’exportation formatée et la compatibilité PC/Mac. Papers, mon préféré, brille par son interface très soignée et la reconnaissance automatique des pdfs mais ne permet pas encore la copie formatée, tandis que Zotero, plugin gratuit mais encore immature de Firefox, est compatible sur les deux plateformes.

Je passe ici en revue deux autres logiciels, Bookends et Sente. Je commence par Bookends, la version 10.5.5.

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Bookends, c’est pour commencer douze menus différents et certains éléments de l’interface avec le caractère «Times», c’est quelque chose que j’ai rarement vu sur un logiciel Mac. A mon avis, c’est à revoir par rapport aux standards Apple...

Quant à la vidéo de démonstration que je viens de regarder dans le but de vous expliquer les fonctionnalités du logiciel, elle me laisse sur ma faim, manquant clairement d’ambition. Par contre, le guide en pdf, c’est une brique de 325 pages, ah oui, je vais avoir du travail quand-même!

Une autre mauvaise surprise vient du fait que le logiciel ne s’ouvre pas en effectuant le glisser-déposer d’un pdf sur l’icône de Bookends. Pas bien grave, heureusement, il suffit de glisser le pdf directement dans l’écran principal. Et la récompense est immédiate, l’écran suivant apparaît, preuve que Bookends est allé fourrer son nez dans le pdf pour retrouver le «doi» (Digital Object Identifier) de l’article.

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La première référence est dans la boîte!

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Alternativement, on peut demander une nouvelle référence, puis lui attacher un pdf. Mais c’est ici que j’ai du mal avec Bookends: un manque clair d’intuitivité. Même la touche «pomme+N» ne crée pas une nouvelle référence, mais une nouvelle base de données! Ca non plus, ça ne fait certainement pas partie des standards!

Pour faire apparaître une nouvelle référence, il faut aller au bas de la fenêtre et presser le «+»:

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Il fallait le savoir! L'écran suivant apparaît:

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En sélectionnant le trombone «Attach», je vais chercher un pdf et l’écran suivant apparaît, comme montré plus haut.

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Le bouton «Attach» permet d’importer les métadonnées relatives au pdf.

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J’efface tout, mais, rebelote le manque d'intuitivité, la touche «delete» ne fonctionne pas, je dois effacer par un «ctrl+clic» > Delete.

Autre test, je vais rechercher quelques références dans EndNote, puis les exporter en format xml. Depuis Bookends, je les importe à partir du menu File > Import References.

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Je choisis comme format d’importation EndNote:

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Le tour est joué, et c’est immédiat:

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A gauche des noms d’auteurs, vous voyez apparaître un petit trombone. Intuitivement, j’aurais tendance à penser qu’il s’agit d’un pdf attaché à cette référence. Il n’en est pourtant rien, puisque je n’ai pas encore effectué cette opération. C’est d’ailleurs ce que je vais faire maintenant.

Je sélectionne la référence à laquelle je vais attacher un pdf. Via le menu Refs > Get PDF > Find & Attach local PDF, je vais sélectionner l’endroit où se trouve le document.

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Le pdf est alors copié dans la bibliothèque de Bookends et apparaît sur la partie inférieure de l’écran:

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Une chose surprenante au niveau de la copie formatée: la commande «Copy formatted» vient automatiquement copier la référence ET la coller dans le traitement de texte défini par défaut dans les préférences de Bookends. Pour coller la référence ci-dessous, je place le curseur à l’endroit voulu dans mon document Nisus, je vais dans Bookends, choisis une référence et active «Copy Formatted». Je retourne dans Nisus et j’y trouve ceci:

Michalak, K; Michalak, M; Wicha, J. Tetrahedron Letters 2008, 49, 6807-6809.

C’est un peu déconcertant la première fois, mais après tout, l'idée est plutôt bonne une fois qu'on s'y est habitué. J’ai fait l’essai en ouvrant un document sous Word, mais c’est bien dans Nisus que vient se coller le contenu du presse-papiers puisque, rappelons-le, c'est Nisus que j'ai défini comme éditeur de texte par défaut dans les préférences Bookends.

Un autre bon point de Bookends, c’est le formatage des références, paramétrable depuis Biblio > Formats Manager qui ouvre la fenêtre suivante:

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Mais à nouveau, ces programmeurs ont un problème avec l’intuitivité: il n’y a pas de possibilité de désélectionner tous les formats à la fois!

Je peux construire un nouveau format en pressant le «+» en bas à gauche et le nouveau format peut être composé sur l’écran de droite. Le formatage est plutôt bien pensé.

En résumé, on peut dire que pour 99$, vous avez une application complète, bien qu’un peu «usine à gaz» comme EndNote. Son gros défaut est le manque criant d’intuitivité, l’interface devrait être revue en appliquant les standards Apple.

Mon second cheval du jour, c’est Sente, de «thirdstreetsoftware.com». La version testée est la 5.7.8.

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D’emblée, le premier test...aïe, le glisser-déposer sur l’icône du logiciel ne marche pas non plus. Est-ce si difficile à programmer, ce machin?

Heureusement, et c’est bien expliqué dans l’une des cinq vidéos qu’on peut consulter et que je vous recommande d’ailleurs chaudement: il suffit de glisser le pdf directement dans la fenêtre. Et Sente aussi reconnaît les pdfs. Sur ce point, c’est donc EndNote qui est le dernier de la classe. Ouuuh!

En ouvrant Sente, on se retrouve devant un écran sensiblement plus «Mac» que Bookends, c’est donc un bon point.

Pour le testeur que je suis, le travail est même facilité, grâce à la bibliothèque-test incluse dans l’installation («Sample Library»). Voilà à quoi ressemble son interface:

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Pour la gestion des références elles-mêmes, aucun doute, Sente fait aussi bien que Papers ou Bookends. Voyons maintenant comment il gère les références formatées. Sente propose un bon nombre de formats différents, consultables via le menu Window > Bibliography Formats. Les éditeurs auraient cependant intérêt à l’étoffer pour proposer une liste la plus complète possible des revues internationales.

Comme signalé plus haut pour Bookends, impossible de tout sélectionner/désélectionner. Par contre, si vous ne voulez voir que les favoris, en nombre réduit par rapport à la longue liste de revues, c’est possible. Il y en a peu, il est donc aisé de les désélectionner un à un.

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J’ai réussi sans grande difficulté à créer un nouvel élément bibliographique. Je ne vous le montre pas, parce que c’est un peu «les mains dans le cambouis», mais ça fonctionne plutôt bien sous Sente. Voyez la capture ci-dessous.

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Le logiciel fait la distinction -selon moi inutile- entre des formatages prédéfinis par Sente et ceux que vous mettez en place par la suite. Je pense que ce genre de données devrait toujours se trouver à l’extérieur du logiciel, à l’image de EndNote qui a ses propres documents «.ens» (EndNote styles). A revoir!

Je vais maintenant vous montrer une perle de Sente: la prise de notes. Entretemps, j’ai téléchargé trois de mes pdfs, ils ont été reconnus à partir du titre, j’ai donc trois références dans ma propre bibliothèque. Sente permet l’annotation des pdfs et ce, de façon très efficace.

Je visualise le pdf comme indiqué dans première capture Sente que je vous ai donnée. Je continue. Je sélectionne du texte. C’est un peu ennuyeux, les pdfs à deux colonnes, on ne peut pas sélectionner le texte d’une seule colonne, on a les deux en même temps. Mais bon, une fois le texte sélectionné, vous dis-je, je clique sur le crayon, qui a pour effet de copier-coller ce texte sur l’écran de droite. En-dessous de ce texte collé, je dispose d’un champ où je peux insérer mon propre commentaire. Excellent, Sir!

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Et je peux même sélectionner une image en sélectionnant le rectangle, puis en cliquant sur le crayon. De nouveau, l’image est copiée-collée à droite et je peux bien sûr la commenter:

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Je vous assure que lorsqu’on veut extraire l’essentiel de quelques centaines de publications, ceci peut être bigrement utile!

Pour ce qui est de la prise de références «à la volée» (depuis le traitement de texte donc), la situation est un peu confuse: dans les préférences, seuls Word et Mellel sont mentionnés, alors que dans les vidéos, Pages est mentionné également. Mais le plug-in pour Word ne veut pas s’installer, il y a donc du bug là-dessous. Personnellement, je préfère toujours la copie formatée depuis le logiciel bibliographique, quel qu’il soit, et le collage dans le traitement de texte. Cela évite de s’arracher les cheveux.

La licence utilisateur coûte quant à elle près de 130$, je trouve ce prix trop élevé par rapport à ses fonctionnalités et par rapport au prix moyen de ses concurrents.

En résumé, nous avons passé en revue deux applications plutôt performantes, Bookends et Sente, capables toutes les deux de reconnaître un pdf, en plus du formatage aisé et de la gestion classique des références. Bookends présente malheureusement l’inconvénient d’une interface peu intuitive, je lui préfère clairement Sente. En comparaison avec mes trois précédents (EndNote, Papers et Zotero), Sente devient maintenant mon préféré, malgré l’énorme potentiel de Papers.

Je complète et mets à jour mon tableau récapitulatif:

Les points forts Les points faibles
  • EndNote (300€) vX2

  • Logiciel utilisé par un grand nombre de chercheurs du monde entier
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point et les formats de pratiquement toutes les revues scientifiques internationales sont disponibles
  • PC et Mac
  •  

  • Incapable d’effectuer une recherche au sein des pdfs
  • Incapable de reconnaître un pdf
  • L’interface aurait besoin d’un bon lifting
  • Prix élevé pouvant aller jusqu’à 300 €
  • Papers (29 €) v1.9

  • Logiciel vraiment convivial et intelligent
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Disponible en français
  • Prix très raisonnable
  •  

  • Uniquement Mac
  • La partie «Copie formatée» n’est pas encore disponible
  • Zotero (gratuit) v1.0.10

  • Gratuit
  • Disponible en français
  • PC et Mac (plugin Firefox)
  •  

  • Interface un peu simpliste, mais le logiciel est prometteur et les mises à jour se succèdent à intervalles réguliers
  • La partie «Copie formatée» doit encore être améliorée
  • Bookends (99 $) v10.5.5

  • Logiciel très complet bien qu'un peu «usine à gaz»
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point
  • La fonction «Copie formatée» va coller la référence directement dans l'éditeur de texte défini par défaut dans les préférences Bookends.
  •  

  • Manque d'intuitivité en général
  • La vidéo de démonstration est vraiment trop sommaire
  • Sente (130 $) v5.7.8

  • Logiciel très complet avec une bonne intuitivité
  • Capable de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • L'annotation des références est très bien conçue
  • Les vidéos de démonstrations sont complètes et agréables à suivre
  •  

  • Prix élevé
  • Situation confuse concernant la prise de références «à la volée»

Mais cette fois encore, c’est vous qui effectuerez le choix qui vous convient le mieux!

9 commentaires
1)
Franck Pastor
, le 07.08.2009 à 09:21
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Étant le « TeXnicien » que l’on sait, j’ai décidé il y a peu de me mettre à BibDesk dès que possible. Je verrai s’il y a lieu de faire une mise à jour de l’article de Fabien sur BibDesk, qui date de quatre ans.

Tes articles sont vraiment tombés à pic puisqu’ils me fournissent plein d’éléments de comparaison pour voir ce que BibDesk vaut vraiment. Merci encore !

2)
Guillôme
, le 07.08.2009 à 10:25
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Je ne sais pas trop ce que vaut BibDesk vu que j’avais un usage basique (je cherchais juste à avoir une base bibliographique et pas à gérer des pdf avec mots clés…).

Ensuite, définir la présentation de sa bibliographie avec un .bst (selon les exigences du lecteur final) n’est pas facile. Certes, il y a CustomBib qui aide bien mais on est limité.

Mais une chose est sure, une fois ces difficultés franchies, la gestion bibliographique avec BibTeX est une tuerie :

  • c’est hyper fiable et homogène (numérotation, ordonnancement et calcul des index)
  • c’est hyper rapide d’ajouter/modifier des références dans son texte
  • et en plus c’est gratos!

Comme il ne me viendrait pas à l’idée de taper un mémoire, un livre, un document important (pour les trucs simples j’utilise TextEdit et pour le courrier j’utilise OpenOffice) avec autre chose que LaTeX, la solution BibTeX s’impose d’elle-même.

Alors merci Migui pour tes articles qui me serviront peut être un jour mais comme j’ai ma solution, j’avoue ne pas être très préoccupé de la changer…

3)
Guillôme
, le 07.08.2009 à 10:34
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Chaque citation peut être copiée de façon formatée, ce qui permet de la coller dans un traitement de texte en vue d’une publication.

Qu’en t’entends-tu par là? Car si tu dois faire des références manuellement ou faire les citations dans la table bibliographique à la main, c’est l’horreur totale, non?

Pour moi, l’élément clé, c’est la composition automatique des citations bibliographiques avec personnalisation avancée, la gestion des références automatiques et la ré-indexation automatique. Ce que fait d’ailleurs BibTeX de façon puissante.

D’ailleurs, dans le logiciel biblio idéal, il me parait essentiel de préciser que le logiciel doit s’intégrer avec son traitement de texte pour permettre la gestion automatique de la bibliographie et du mécanisme de citation.

Et ta description idéale me semble un peu biaisée comme pour un appel d’offre où l’on sait le produit que l’on cherche et l’on donne des critères basés sur des solutions que l’on connait ;)

4)
Ölbaum
, le 07.08.2009 à 16:08
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Pour moi la base d’un logiciel de gestion des références bibliographiques, c’est le support BibTeX, et apparemment aucun des cinq candidats cités dans cet article ne le permettent.

Je m’explique: importer un fichier .bib, c’est vital, facile, et ils le font probablement tous. Par contre, je ne devrais pas à avoir à exporter ma base avant de pouvoir l’utiliser avec BibTeX. Jamais. C’est le job du logiciel de garder un fichier .bib quelque part, constamment synchronisé avec la base interne, pour que je puisse ajouter ou modifier une entrée, compiler mon document et tout est à jour. Par exemple, iTunes garde un fichier XML synchronisé avec sa bibliothèque, justement pour que d’autres programmes puissent y accéder.

J’avais essayé EndNote. Il fait du BibTeX, mais il faut exporter le fichier manuellement, en choisissant le style au préalable, sauver, remplacer l’ancien fichier, et c’est même impossible à automatiser parce qu’EndNote n’est pas scriptable. C’est tout simplement inacceptable, surtout quand on a l’habitude de logiciels comme JabRef ou je suppose BibDesk, qui éditent directement le fichier .bib et où aucune exportation n’est donc nécessaire.

Donc quand je vois sur la page d’un soft que la seule mention de BibTeX concerne l’exportation, je pars en courant, même si le soft est dix fois plus joli que JabRef. Parce que ce que je demande, c’est quand-même basique.

5)
Migui
, le 08.08.2009 à 22:00
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Désolé pour mon commentaire tardif, je rentre à l’instant de la région de Bergerac! :-(

Guillôme, j’ai expliqué dans mon premier article la notion de copie formatée: selon la revue dans laquelle tu écris, il faut par exemple indiquer ou non le titre de l’article, et en italique, le premier auteur, mais pas les autres, l’année en gras et le n° de page en italique. Tout cela peut être prédéfini dans le logiciel bibliographique et copié comme tel. Le collage se fait alors directement dans le traitement de texte.

Exemple:

(1)    Zificsak, C. A.; Hlasta, D. J. Tetrahedron 2004, 60, 8991-9016.

Tu parles de description idéale biaisée, je ne suis pourtant qu’un simple utilisateur, j’essaye de définir les critères du logiciel qui serait le plus “universel” possible, je constate qu’on n’est pas encore au bout du tunnel avec se qu’on trouve actuellement sur le marché. Mais j’ai confiance…

Et encore une fois, vraiment désolé pour BibTex, je vais quand-même m’y mettre un jour, mais je compte secrètement sur l’expérience de l’un ou l’autre qui pourrait peut-être nous faire un article d’ici peu?…

6)
Franck Pastor
, le 08.08.2009 à 23:37
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Et encore une fois, vraiment désolé pour BibTex, je vais quand-même m’y mettre un jour, mais je compte secrètement sur l’expérience de l’un ou l’autre qui pourrait peut-être nous faire un article d’ici peu?…

Pour BibTeX, c’est déjà fait ;-). Pour BibDesk aussi (voir mon message précédent). Mais BibTeX est destiné aux utilisateurs de LaTeX. BibDesk, dont le but premier est quand même de fournir une interface conviviale à BibTeX, semble lui pouvoir être utilisé en-dehors de LaTeX.

7)
Guillôme
, le 08.08.2009 à 23:52
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Guillôme, j’ai expliqué dans mon premier article la notion de copie formatée

désolé mais je n’ai pas très bien compris… Pour moi, C’est comme si tu me disais qu’un bon traitement texte doit permettre de copier/coller avec les styles… Pour faire son sommaire a la main!

le logiciel de biblio doit s’occuper d’inserer tes références avec le formatage de ton choix suivant ta publication. Je ne conçois pas un instant de traiter a la main ce genre de truc…

Merci de ton éclaircissement, je suis un peu perdu :)

8)
Guillôme
, le 09.08.2009 à 00:12
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Pour l’aspect biaisé ce que je veux dire c’est que tu donnes ta solution idéale en fonction des possibilités que tu connais ou dont tu as besoin. Il aurait été plus judicieux peut être de parler de ta solution idéale et non de La solution ideale ;)

pourquoi limiter l’interface à un style iTunes?

Pourquoi limiter la reconnaissance des documents a des pdf?

Pourquoi un prix bas serait forcément un critère?

Et, pourquoi le copier/coller d’un style de ref est-il plus important que l’integration au traitement de texte non mentionné et pourtant crucial pour moi?

9)
Migui
, le 09.08.2009 à 11:06
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Il aurait été plus judicieux peut être de parler de ta solution idéale et non de La solution ideale

D’accord, Guillôme, je sais qu’on peut utiliser ces logiciels de plusieurs façons en fonction de ce qu’on en fait. Je ne prétends en rien imposer MA façon de faire, j’ai simplement essayé de dégager un certain nombre de critères que je pense suffisamment universels pour être utiles à la communauté.

Pourquoi limiter l’interface à un style iTunes?

Evidemment, du diras encore que c’est MOI, mais JE considère qu’iTunes et iPhoto sont deux exemples de parfaite réussite au niveau de l’interface et de l’ergonomie. Il me paraît donc logique que les éditeurs de logiciels bibliographiques s’en inspirent largement.

Pourquoi limiter la reconnaissance des documents a des pdf?

Même chose, je suis bien conscient qu’il y a des alternatives aux pdf, mais dans le domaine scientifique, c’est la base de tous les articles et leur reconnaissance automatique (via le “doi” intégré) fait l’objet de toutes les attentions des développeurs.

Pourquoi un prix bas serait forcément un critère?

Je n’ai jamais considéré qu’un prix bas était le seul critère, je constate simplement que le plus cher (EndNote, 300 € en prix plein) a de gros défauts, alors que Papers (29 €) ou Zotero (gratuit) lui sont supérieurs sur bon nombre d’autres critères également. C’est tout de même paradoxal!

Et, pourquoi le copier/coller d’un style de ref est-il plus important que l’intégration au traitement de texte non mentionné et pourtant crucial pour moi?

Ici, je suis d’accord avec toi, c’est peut-être une façon de travailler plus personnelle chez moi: ayant constaté certaines difficultés avec les intégrations, je préfère “copier-formaté” dans le logiciel bibliographique et coller ensuite dans le traitement de texte. Mais j’ai bien souligné cette fonctionnalité intéressante dans le logiciel Bookends qui “envoie” directement dans le traitement de texte ce que tu copies.