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Gestion des références bibliographiques (II): Papers et Zotero

Dans mon billet précédent, je vous ai expliqué les fonctions principales du logiciel de gestion bibliographique EndNote.

Pour rappel, on peut dire qu’un tel logiciel comporte deux fonctions principales:

  • la gestion de références bibliographiques, grandement facilitée, particulièrement lorsque ces références sont nombreuses.
  • la possibilité de copier la référence de façon formatée, pour la coller ensuite au format ad hoc dans un traitement de texte.

En dépit de ses nombreux avantages, plusieurs défauts de EndNote ont été mentionnés: outre son prix (jusqu’à 300 €!), l’impossibilité d’effectuer une recherche au sein du pdf lié à chaque référence.

Je vous présente aujourd’hui deux logiciels alternatifs, Papers et Zotero.

Papers, a été mis au point par deux étudiants hollandais, Alexander Griekspoor, alias «Mek» et Tom Groothuis, alias «Tosj». En 2000, ils entreprirent tous deux un doctorat en biologie médicale au «Netherlands Cancer Institute» à Amsterdam. Sur un étage, ils étaient alors les deux seuls à utiliser un Mac. Pour cette raison, un professeur leur a lancé un jour: «Ah! Voilà Mek et Tosj!», ce qui donne en néerlandais «Mek en Tosj». Ce jeu de mots n'est pas tombé dans l'oreille de sourds: «Tosj» poursuit actuellement une carrière académique et «Mek» continue le développement des logiciels scientifiques dans ce qui est devenu une vraie entreprise, «Mekentosj Inc.». En 2007, leur travail fut couronné par le prix «Apple Design Award» pour la «meilleure solution informatique scientifique», qui leur a été décerné pour Papers à la conférence annuelle des développeurs à San Francisco. Rien que ça! Et je vais vous montrer que cette récompense n’est en rien usurpée!

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Vous avez vu, cette bibliothèque? C’est en fait le logo de Papers. C’est peut-être un peu philosophique de ma part, mais déjà rien qu’au logo, on voit que c’est bien léché.

Après le téléchargement, rien de très compliqué, on effectue l'installation:

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Pour les besoins de la cause, j’ai temporairement viré ma bibliothèque principale. A l’ouverture, Papers me demande ce qu’il doit faire: localiser une bibliothèque existante ou créer une nouvelle bibliothèque.

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Je choisis la seconde solution et définis son emplacement.

Après, c’est au tour des préférences pour les pdfs: ceux-ci seront soit copiés depuis leur emplacement de départ, soit déplacés vers la bibliothèque Papers. Je choisis la première solution. Papers propose de créer des sous-répertoires (année, auteur,…) , c’est sa propre façon de stocker les pdfs. Ca peut toujours faciliter la tâche si, par la suite, on doit les retrouver en-dehors du logiciel. Je coche.

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Ensuite, je peux même choisir de renommer les pdf en fonction de métadonnées contenues dans le document lui-même. Ici, je ne le fais pas, parce que, si vous vous rappelez mon billet précédent, vous savez que je renomme moi-même un document pdf. Cela permet de toujours le reconnaître, même quand il est manipulé en-dehors du gestionnaire de bibliographie. De nombreux éditeurs de contenus ont en effet la fâcheuse tendance à nommer les pdfs de façon absconse.

Enfin, Papers me propose d’utiliser par défaut une base de données en ligne. Je choisis Google Scholar. J’y reviendrai!

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Après un message de félicitations, c’est la fenêtre principale de Papers qui apparaît. Je vais directement importer la référence d’un article. Cette fois-ci, je vais faire un sur le site du journal Synthesis. Je prends le premier article. Je clique sur le titre, une nouvelle page apparaît et sur la bannière de droite est mentionné un lien «Download bibliographical data». Le principe est toujours le même: on télécharge d’abord un petit fichier contenant du texte tabulé, qui sera reconnu par Papers. On peut bien sûr l’importer depuis Papers, mais j’ai choisi de glisser-déposer ce fichier sur l’icône Papers, qui s’ouvre et laisse apparaître cette première référence. C’est ensuite que j’importe le pdf qui est tout de suite visible dans la fenêtre du logiciel:

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Maintenant, nous allons envisager la démarche inverse et vous allez voir la puissance de Papers: je pars du pdf d’un autre article et je l’importe, pour l’instant, sans sa référence dans Papers. Nous allons voir que le logiciel est capable d’en retrouver la référence.

J’importe donc le pdf:

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Attention de cocher l’option en-dessous:

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Le «doi», c’est l’abréviation de «digital object identifier», c’est un numéro de référence utilisé universellement et qui permet de retrouver un article. Eh bien, Papers est capable de rentrer dans le pdf pour lire de façon automatisée le «doi». Il interroge ensuite la base de données «Google Scholar» que j’ai choisie plus haut et qui va renvoyer à Papers la référence complète correspondant à cet article. Le «bouton magique» qui permet d’identifier le pdf, est entouré en rouge ci-dessous.

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Une fois l’article identifié, c’est un signal sans équivoque qui apparaît: le logiciel simule la lampe et le bruit d’un scanner qui passe sur le pdf:

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Après cela, vous pouvez constater que mon article et sa référence se trouvent dans le répertoire. Voyez comme c’est amusant! Je vais proposer à «Mekentosj» une option super-kitch pour la prochaine version: qu’on puisse choisir la couleur de la lumière qui simule le scanner! Une fois le répertoire créé, le reste est très «Mac»: on peut créer des «Ensembles» à l’image des «Listes» de iTunes ou des «Albums» de iPhoto. Des «Ensembles intelligents» et tout ce qui s’y rapporte. Contrairement à EndNote, les pdfs sont réellement intégrés à Papers Un mot introduit dans le champ de recherche apparaît en surbrillance là où il se trouve: dans la référence et/ou dans le pdf correspondant:

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Bref, Papers, c’est beau et bien conçu. Le seul manquement actuel, c’est qu’il est impossible de copier la référence formatée. Rappelez-vous l’article sur EndNote, c’est la possibilité de copier la référence selon une disposition définie:

(1) Caddick, S.; Fitzmaurice, R. Tetrahedron 2009, 65, 3325.

Mais on nous promet cela dans une prochaine mise à jour et c'est vrai que ce n'est certainement pas le plus difficile à programmer.

Au niveau du prix, c’est très raisonnable: 29 € pour la licence, et des réductions sont à prévoir pour les achats groupés. J’allais l’oublier: depuis peu, Papers existe aussi en version iPhone. Encore une preuve de la vitalité de l’équipe de développeurs autour d’Alexander Griekspoor, alias "Mek".

Zotero quant à lui ne vous coûtera pas un kopeck! C’est en fait un plugin qui s’installe en complément de Firefox. Les principes généraux de la gestion bibliographique, je vous les ai donnés plus haut, je vais juste passer en revue quelques spécificités de Zotero: Ce plugin a été développé par le «Center for History and New Media» à l’Université George Mason en Virginie. Une fois installé, l’écran Firefox apparaît avec le logo «Zotero» en bas à droite:

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Mais le petit coup de génie de Zotero, c’est au-dessus, à droite du champ de l’URL Firefox qu’il se concrétise:

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Cette petite icône représentant une page, c’est ce qui permet de télécharger la référence. Je clique dessus et l’écran suivant apparaît dans la partie inférieure droite, à côté de l’icône Zotero:

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En cliquant sur l’icône Zotero, l’écran principal apparaît en-dessous de Firefox:

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Vous voyez que mon article est téléchargé. Sur la partie gauche, je vais pouvoir ajouter des dossiers; sur la partie centrale apparaissent les références et pour chacune d’entre elles, il est possible notamment de joindre un pdf, d’écrire l’une ou l’autre note ou de définir des marqueurs («tags») en fonction des besoins du projet. Le logiciel est, comme Papers, capable d’effectuer une recherche au sein des pdfs. Malheureusement, ici également, la «Copie formatée» n’en est encore qu’à ses balbutiements, le texte copié dans le presse-papier a perdu sa mise en forme, ce qui rend donc impossible la mise en gras ou en italique de certaines données. Mais ici également, on peut parier que ce plugin va être amélioré, comme il l'a déjà été régulièrement depuis sa sortie, en 2006.

En résumé, je vous ai présenté 3 logiciels de gestion bibliographique. Je vous donne un aperçu de leurs qualités et défauts. Vous ferez donc un bon choix en fonction de vos besoins.

Les points forts Les points faibles
  • EndNote

  • Logiciel utilisé par un grand nombre de chercheurs du monde entier
  • Les fonctions de «Copie formatée» et de «Citation à la volée» sont bien au point et les formats de pratiquement toutes les revues scientifiques internationales sont disponibles
  • PC et Mac
  •  

  • Incapable d’effectuer une recherche au sein des pdfs
  • L’interface aurait besoin d’un bon lifting
  • Prix élevé pouvant aller jusqu’à 300 €
  • Papers

  • Logiciel vraiment convivial et intelligent; capable même de retrouver la référence à partir du seul pdf
  • Disponible en français
  • Prix raisonnable (29 €)
  •  

  • Uniquement Mac
  • La partie «Copie formatée» n’est pas encore disponible
  • Zotero

  • Gratuit
  • Disponible en français
  • PC et Mac (plugin Firefox)
  •  

  • Interface un peu simpliste, mais le logiciel est prometteur et les mises à jour se succèdent à intervalles réguliers
  • La partie «Copie formatée» doit encore être améliorée

Faites le bon choix!

16 commentaires
1)
Marc2004
, le 29.04.2009 à 07:22
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merci pour ce N°2.

Tu ne devais pas reparler de Google Scholar et des autres sites? Un n°3 en préparation?

J’aimerais bien un développement plus complet sur Papers…

2)
nathalex
, le 29.04.2009 à 07:25
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J’ai déjà été tenté par Papers plusieurs fois par le passé mais les versions de l’époque ne prévoyaient pas l’export de la biblio en format .bib que les utilisateurs de LaTeX connaissent si bien et je suis donc resté sur BibDesk. Les choses ont-elles évolué sur ce point ?

3)
POG
, le 29.04.2009 à 08:30
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Merci pour ce test, très instructif.

J’ai déjà testé Papers, qui est génial, mais que je trouver un peu trop lié aux bibliothèques qui référencent des papiers de recherche ou scientifiques.

J’ai souvent besoin de stocker des pdf, qui sont des publications de type professionnel mais plus orientées, compta, gestion des risques, IT etc… et justement je cherche un outil sur mon Mac pour classer ces fichiers. Malheureusement Papers ne me permet pas aisément de faire cela. (je sais que iTunes peut gérer les PDF, mais je veux pas mélanger les genres :-))

4)
Ant
, le 29.04.2009 à 08:38
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Juste une question… Si j’ai bien compris, Papers ne fait que classer les pdf? On ne peut pas faire de références bibliographiques dans un texte?

Si c’est ça, je ne vois plus trop l’utilité…

Ant

5)
WhyNot
, le 29.04.2009 à 08:40
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Merci pour ces articles.

J’utilise Papers depuis pas mal de temps, et j’adore.. Je n’attends plus que la possibilité de formater la bibliographie pour me débarrasser d’endnote.

Pour l’instant, j’exporte ma bibliothèque vers endnote en xml, puis insère mes références par copier-coller, avant de formater directement dans endnote, à l’ancienne. La fonction ” Cite While you write” de la vieille version 7 que j’utilise était vraiment trop plantogène pour faire des citations à la volée. Apparemment les versions plus récentes sont plus stables.

Ceci dit, Sente, mentionné dans le précédent article en commentaire a l’air pas mal non plus. Un petit test un jour??

@Nathalex, oui Papers permet l’export de la bibliothèque en format .bib

6)
pierre?
, le 29.04.2009 à 08:42
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Belle revue. Utilisateur quotidien de Papers, je me suis inscrit pour rajouter que l’export “Résumé” existe. Le résultat est du type : Antoniazzi et al. Exploring the thermodynamic limit of Hamiltonian models: Convergence to the Vlasov equation. Physical Review Letters (2007) vol. 98 (15) pp. 150602

Quant à l’export BibTeX, on sélectionne une série d’articles dans la bibliothèque. Ensuite, “Fichier -> Exporter -> Bibliothèque BibTeX”. Le résultat est du genre :

@Article{Antoniazzi:2007p190, author = {Andrea Antoniazzi and Francesco Califano and Duccio Fanelli and Stefano Ruffo}, journal = {Physical Review Letters}, title = {Exploring the thermodynamic limit of Hamiltonian models: Convergence to the Vlasov equation}, abstract = {We here discuss…}, affiliation = {Univ Florence, Dipartimento Energet, I-50139 Florence, Italy}, number = {15}, pages = {150602}, volume = {98}, year = {2007}, month = {Jan}, language = {English}, keywords = {Systems, Statistical-Mechanics, Dynamics, Hmf Model, Distributions, Integration}, date-added = {2008-11-10 11:34:11 +0100}, date-modified = {2008-11-10 11:34:44 +0100}, doi = {10.1103/PhysRevLett.98.150602}, pmid = {000245691400009}, uri = {papers://E9DB8849-79AD-4FD6-BB90-A8437ABD5DB5/Paper/p190}, read = {Yes}, rating = {0} }

J’espère que ça aidera certains.

Pierre

7)
Paulo1267
, le 29.04.2009 à 08:50
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Et Bookends? Sûrement un des logiciels les plus abouti!

8)
elo
, le 29.04.2009 à 08:50
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Merci pour l’article.

Comme dit auparavant, après avoir essayé Papers également je suis resté avec Bookends, beaucoup plus versatile pour les non-scientifiques. Zotero est encore trop basique malgré tout.

Voir un comparatif Papers-Bookends (en anglais). Depuis le comparatif Bookends a encore ajouté des fonctionnalités. Voir aussi le comparatif plus global (presque à jour … sauf pour Papers) sur wiki (en anglais). Par contre, l’interface de Papers est vraiment plus moderne.

9)
Tobogan
, le 29.04.2009 à 10:17
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Pas mal Papers, mais probablement pas la solution optimale (pas de possibilité d’avoir une référence formatée!!??°. Après avoir testé un nombre incalculable d’applications, y compris des applications serveur (aigaion par ex.), je me suis dit que le référenceur idéal devait être: -capable de récupérer des pdf et des références déjà collectées avec d’autres systèmes (importation, fondamental) – manipuler les format RIS, et BibTex au minimum – être multiplateforme (mac et PC au moins) – être capable de rechercher dans les pdfs (indexation automatique) – trouver les références d’un papier à partir de son pdf – permettre un accès à sa base bibliographique n’importe où (duplication sur internet) – intégrer des outils simples pour insérer des références dans Word et y créer une bibliographie – et tant qu’on est est être gratos. Voilà. Là vous vous dites: “il est complètement à la masse! C’est impossible et si ça existait, je le saurais!” En fait cette description correspond aux caractéristiques de Mendeley ( Mendeley ). En plus il est disponible sur linux. Vos références sont dupliquées sur le site et sont donc accessibles en temps réel, n’importe quand, n’importe où. Le flux de travail s’en trouve considérablement simplifié, les références sont toujours à jour sur toutes les plateformes que vous utilisez (au travail ou à la maison, aucune différence). Le soft gère les doi, pmid (pubmed), etc… L’équipe de développement est constituée d’universitaires européens, et est très réactive; le logiciel est en beta mais tout à fait fonctionnel). Cerise sur le gâteau, Mendeley s’intègre avec Word et communique avec lui pour ajouter les références selon la norme que vous préférerez (APA, BMJ, IEEE, Harvard, … elles sont toutes là). Enfin, en cliquant sur le bouton “insert bibliography”, Mendeley va lire le document Word sur lequel vous travaillez et crééer une biblio spécifique au document: un rêve devenu réalité! Vous-ai parlé du prix? Oui, c’est gratuit. A+

10)
MarcelPahud
, le 29.04.2009 à 11:20
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Tiens, j’ai découvert Zotero en cours hier… c’est con, j’ai rendu mon travail de diplôme il y a 3 semaines :-P

Mais je garde cette solution sous la main… Très bien fichu et gratuit. Dommage qu’il ne s’intègre pas à Pages par contre…

11)
Ölbaum
, le 29.04.2009 à 11:55
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Quand j’avais essayé Papers il y a quelques temps, il m’avait agressé au démarrage avec une vidéo (sonorisée qui plus est). Résultat il a passé directement à la poubelle.

Je m’aperçois à l’instant que la partie support de leur site c’est pareil, rien que des vidéos. C’est des maniaques ces gens ! Il ne savent pas écrire ? Quelle personne sensée s’imagine qu’on va se taper une demi heure de vidéos pour obtenir une réponse à des questions comme “est-ce que ce truc va me permettre de gérer ma base BibTeX sans devoir la réexporter à chaque modification ?”.

13)
François Cuneo
, le 29.04.2009 à 14:48
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Bonjour et merci pour cet aperçu de nombreux logiciels de bibliographie.

On commence à se faire une idée.

Mais étrangement, suite à ce qui a été écrit en commentaires, j’y suis allé voir et il me semble en effet que Bookends est le plus intégré au Mac.

Tu nous écris bientôt un test dessus steplé?

14)
Migui
, le 29.04.2009 à 21:06
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Allez, le prochain article, ce sera Bookends et, pourquoi pas, Mendeley en sus!

Merci en tout cas pour vos gentilles réactions et suggestions…

Encore une fois, vous aurez compris mon attachement à Papers, c’est en fait en vertu du principe “qui peut le plus peut le moins”. Je veux dire que la copie formatée, c’est très utile, mais je pense que c’est plus facile à programmer que ce qui a déjà été fait: la reconnaissance des pdf et leur classement, le tout de façon intégrée.

Mais c’est vrai qu’il est temps que Papers s’améliore dans ce sens, s’ils veulent garder leur longueur d’avance!!!

Merci à nouveau pour les réponses concernant BibTeX!

J’ai souvent besoin de stocker des pdf, qui sont des publications de type professionnel mais plus orientées, compta, gestion des risques, IT etc…

En-dehors de ma vie professionnelle, j’utilise avec bonheur Yojimbo pour la gestion des pdf.

Utilisateur quotidien de Papers, je me suis inscrit pour rajouter que l’export “Résumé” existe. Le résultat est du type : Antoniazzi et al. Exploring the thermodynamic limit of Hamiltonian models: Convergence to the Vlasov equation. Physical Review Letters (2007) vol. 98 (15) pp. 150602

C’est vrai qu’on peut l’exporter de façon standard comme tu l’indiques. Le seul hic, c’est que chaque revue dans laquelle tu peux publier a son propre format. Il faut donc pouvoir adapter au cas par cas le format exporté.

En tout cas, bon travail à tous, la recherche est un des plus beaux métiers du monde!!!

15)
Franck Pastor
, le 30.04.2009 à 07:16
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Très très intéressants, ces deux articles, qui ont très bien montré l’intérêt de ce type de logiciel. Ils m’ont donné envie de me mettre à BibDesk pour achever la comparaison. Pour rappel, BibDesk a déjà été testé sur cuk.ch par Fabien dans cet article. Depuis le temps, il y a sans doute eu des évolutions, je verrai si elles sont significatives.

16)
chenneq
, le 30.04.2009 à 23:59
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Malheureusement le plugin Word de Mendeley qui permet d’ajouter des références dans un document n’est disponible que pour la version Windows… snif