Dans mon billet précédent, je vous ai expliqué les fonctions principales du logiciel de gestion bibliographique EndNote.
Pour rappel, on peut dire qu’un tel logiciel comporte deux fonctions principales:
- la gestion de références bibliographiques, grandement facilitée, particulièrement lorsque ces références sont nombreuses.
- la possibilité de copier la référence de façon formatée, pour la coller ensuite au format ad hoc dans un traitement de texte.
En dépit de ses nombreux avantages, plusieurs défauts de EndNote ont été mentionnés: outre son prix (jusqu’à 300 €!), l’impossibilité d’effectuer une recherche au sein du pdf lié à chaque référence.
Je vous présente aujourd’hui deux logiciels alternatifs, Papers et Zotero.
Papers, a été mis au point par deux étudiants hollandais, Alexander Griekspoor, alias «Mek» et Tom Groothuis, alias «Tosj». En 2000, ils entreprirent tous deux un doctorat en biologie médicale au «Netherlands Cancer Institute» à Amsterdam. Sur un étage, ils étaient alors les deux seuls à utiliser un Mac. Pour cette raison, un professeur leur a lancé un jour: «Ah! Voilà Mek et Tosj!», ce qui donne en néerlandais «Mek en Tosj». Ce jeu de mots n'est pas tombé dans l'oreille de sourds: «Tosj» poursuit actuellement une carrière académique et «Mek» continue le développement des logiciels scientifiques dans ce qui est devenu une vraie entreprise, «Mekentosj Inc.». En 2007, leur travail fut couronné par le prix «Apple Design Award» pour la «meilleure solution informatique scientifique», qui leur a été décerné pour Papers à la conférence annuelle des développeurs à San Francisco. Rien que ça! Et je vais vous montrer que cette récompense n’est en rien usurpée!
Vous avez vu, cette bibliothèque? C’est en fait le logo de Papers. C’est peut-être un peu philosophique de ma part, mais déjà rien qu’au logo, on voit que c’est bien léché.
Après le téléchargement, rien de très compliqué, on effectue l'installation:
Pour les besoins de la cause, j’ai temporairement viré ma bibliothèque principale. A l’ouverture, Papers me demande ce qu’il doit faire: localiser une bibliothèque existante ou créer une nouvelle bibliothèque.
Je choisis la seconde solution et définis son emplacement.
Après, c’est au tour des préférences pour les pdfs: ceux-ci seront soit copiés depuis leur emplacement de départ, soit déplacés vers la bibliothèque Papers. Je choisis la première solution. Papers propose de créer des sous-répertoires (année, auteur,…) , c’est sa propre façon de stocker les pdfs. Ca peut toujours faciliter la tâche si, par la suite, on doit les retrouver en-dehors du logiciel. Je coche.
Ensuite, je peux même choisir de renommer les pdf en fonction de métadonnées contenues dans le document lui-même. Ici, je ne le fais pas, parce que, si vous vous rappelez mon billet précédent, vous savez que je renomme moi-même un document pdf. Cela permet de toujours le reconnaître, même quand il est manipulé en-dehors du gestionnaire de bibliographie. De nombreux éditeurs de contenus ont en effet la fâcheuse tendance à nommer les pdfs de façon absconse.
Enfin, Papers me propose d’utiliser par défaut une base de données en ligne. Je choisis Google Scholar. J’y reviendrai!
Après un message de félicitations, c’est la fenêtre principale de Papers qui apparaît. Je vais directement importer la référence d’un article. Cette fois-ci, je vais faire un sur le site du journal Synthesis. Je prends le premier article. Je clique sur le titre, une nouvelle page apparaît et sur la bannière de droite est mentionné un lien «Download bibliographical data». Le principe est toujours le même: on télécharge d’abord un petit fichier contenant du texte tabulé, qui sera reconnu par Papers. On peut bien sûr l’importer depuis Papers, mais j’ai choisi de glisser-déposer ce fichier sur l’icône Papers, qui s’ouvre et laisse apparaître cette première référence. C’est ensuite que j’importe le pdf qui est tout de suite visible dans la fenêtre du logiciel:
Maintenant, nous allons envisager la démarche inverse et vous allez voir la puissance de Papers: je pars du pdf d’un autre article et je l’importe, pour l’instant, sans sa référence dans Papers. Nous allons voir que le logiciel est capable d’en retrouver la référence.
J’importe donc le pdf:
Attention de cocher l’option en-dessous:
Le «doi», c’est l’abréviation de «digital object identifier», c’est un numéro de référence utilisé universellement et qui permet de retrouver un article. Eh bien, Papers est capable de rentrer dans le pdf pour lire de façon automatisée le «doi». Il interroge ensuite la base de données «Google Scholar» que j’ai choisie plus haut et qui va renvoyer à Papers la référence complète correspondant à cet article. Le «bouton magique» qui permet d’identifier le pdf, est entouré en rouge ci-dessous.
Une fois l’article identifié, c’est un signal sans équivoque qui apparaît: le logiciel simule la lampe et le bruit d’un scanner qui passe sur le pdf:
Après cela, vous pouvez constater que mon article et sa référence se trouvent dans le répertoire. Voyez comme c’est amusant! Je vais proposer à «Mekentosj» une option super-kitch pour la prochaine version: qu’on puisse choisir la couleur de la lumière qui simule le scanner! Une fois le répertoire créé, le reste est très «Mac»: on peut créer des «Ensembles» à l’image des «Listes» de iTunes ou des «Albums» de iPhoto. Des «Ensembles intelligents» et tout ce qui s’y rapporte. Contrairement à EndNote, les pdfs sont réellement intégrés à Papers Un mot introduit dans le champ de recherche apparaît en surbrillance là où il se trouve: dans la référence et/ou dans le pdf correspondant:
Bref, Papers, c’est beau et bien conçu. Le seul manquement actuel, c’est qu’il est impossible de copier la référence formatée. Rappelez-vous l’article sur EndNote, c’est la possibilité de copier la référence selon une disposition définie:
(1) Caddick, S.; Fitzmaurice, R. Tetrahedron 2009, 65, 3325.
Mais on nous promet cela dans une prochaine mise à jour et c'est vrai que ce n'est certainement pas le plus difficile à programmer.
Au niveau du prix, c’est très raisonnable: 29 € pour la licence, et des réductions sont à prévoir pour les achats groupés. J’allais l’oublier: depuis peu, Papers existe aussi en version iPhone. Encore une preuve de la vitalité de l’équipe de développeurs autour d’Alexander Griekspoor, alias "Mek".
Zotero quant à lui ne vous coûtera pas un kopeck! C’est en fait un plugin qui s’installe en complément de Firefox. Les principes généraux de la gestion bibliographique, je vous les ai donnés plus haut, je vais juste passer en revue quelques spécificités de Zotero: Ce plugin a été développé par le «Center for History and New Media» à l’Université George Mason en Virginie. Une fois installé, l’écran Firefox apparaît avec le logo «Zotero» en bas à droite:
Mais le petit coup de génie de Zotero, c’est au-dessus, à droite du champ de l’URL Firefox qu’il se concrétise:
Cette petite icône représentant une page, c’est ce qui permet de télécharger la référence. Je clique dessus et l’écran suivant apparaît dans la partie inférieure droite, à côté de l’icône Zotero:
En cliquant sur l’icône Zotero, l’écran principal apparaît en-dessous de Firefox:
Vous voyez que mon article est téléchargé. Sur la partie gauche, je vais pouvoir ajouter des dossiers; sur la partie centrale apparaissent les références et pour chacune d’entre elles, il est possible notamment de joindre un pdf, d’écrire l’une ou l’autre note ou de définir des marqueurs («tags») en fonction des besoins du projet. Le logiciel est, comme Papers, capable d’effectuer une recherche au sein des pdfs. Malheureusement, ici également, la «Copie formatée» n’en est encore qu’à ses balbutiements, le texte copié dans le presse-papier a perdu sa mise en forme, ce qui rend donc impossible la mise en gras ou en italique de certaines données. Mais ici également, on peut parier que ce plugin va être amélioré, comme il l'a déjà été régulièrement depuis sa sortie, en 2006.
En résumé, je vous ai présenté 3 logiciels de gestion bibliographique. Je vous donne un aperçu de leurs qualités et défauts. Vous ferez donc un bon choix en fonction de vos besoins.
| Les points forts | Les points faibles |
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Faites le bon choix!
